苏州工业园区早在2005年就根据吴仪副总理对特殊区域进行“政策叠加、功能整合”的指示，积极探讨实现园区内的出口加工区、保税物流中心B型 和直通式陆路口岸、三区间的联动。2006年召开的第八次中新联合协调理事会进一步明确，允许苏州工业园区开展具有保税港区功能的海关特殊监管区域试点工作。2006年12月17日，国务院正式批准设立苏州工业园综合保税区。该区域执行保税港区的相关政策，是目前国内开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全的特殊功能区综合保税区整合了海关特殊监管区域的所有功能政策。如国外货物入区实行保税，国内货物入区视同出口、实行退税，企业在区内不仅可以进行货物的保税仓储和加工、制造业务，还将可以开展对外贸易（包括国际转口贸易），国际采购、分销和配送，国际中转，检测、维修，商品展示，研发，以及港口作业等业务。相比洋山、天津和大连等保税港区侧重的口岸通关功能，苏州工业园综合保税区直接服务于周边的加工制造业，为企业提供更为全面的功能平台，满足加工贸易的各种需求。
苏州工业园综合保税区是在园区现有的出口加工区、保税物流中心（B型）、直通式陆路口岸基础上进行功能整合和政策叠加而形成的，总面积5.28平方公里，本次验收4.2平方公里，集保税加工、保税物流、进出口贸易、采购分销、金融服务、检测维修、展示展览等功能于一体的特殊监管区域。将建立具有口岸作业、保税物流、保税加工、国际贸易等多种功能，配套服务完善的综合保税区，成为上海洋山港，浦东空港及太仓港在内陆地区的喂给、疏散港，最终发展成为长三角地区制造集群的生产服务业基地和重要的国际货物集散地。
